Multidisciplinarne raziskave Odseka za znanosti o okolju se osredotočajo na prepletanje fizikalnih, kemijskih in bioloških procesov, ki oblikujejo naše okolje, na človeka in njegove dejavnosti. Zato posvečamo pozornost predvsem trem sklopom raziskav: razvoju, optimizaciji in validaciji analiznih metod, študiju biogeokemijkih procesov, zaradi katerih pride do pretoka in transformacij snovi v naravi, in oceni vplivov na okolje ter oceni tveganja za zdravje ljudi in okolja zaradi človekovih posegov v naravo. V okviru odseka delujeta tudi dva infrastrukturna centra: Center za masno spektrometrijo in Center za radon, del odseka pa je tudi Ekološki laboratorij z mobilno enoto. Odsek sodeluje v številnih nacionalnih in mednarodnih raziskovalnih projektih ter neposredno z naročniki uporabnih raziskav. Da lahko sledimo razvoju znanosti, mnogo truda vlagamo v razvoj znanja in posodabljanje raziskovalne opreme.
Odsek za znanosti o okolju je bil nosilec Centra odličnosti “Okoljske tehnologije”, ki je bil delno financiran s strani EU v okviru strukturnih skladov, in je deloval v letih 2004-2007. Sodelovanje tudi v Slovenski tehnološki platformi za vode, kjer želimo svoje znanje ponuditi industriji, kmetijstvu in ljudem preko institucij, odgovornih za varovanje in upravljanje voda v Sloveniji.